בית הכנסת של בית אלפא שייך ליישוב יהודי קדום, שאינו נזכר במקורות. השם בן ימינו נקרא על שם החורבה שנמצאה במקום – ח'ירבת בית אילפא. בדצמבר 1928 סיפר אחד מחברי קיבוץ בית אלפא לארכיאולוג אליעזר סוקניק על גילוי רצפת פסיפס מעוטרת בשדות הקיבוץ השכן חפצי בה. סוקניק הבין שמדובר בשרידי בית כנסת עתיק, וזמן קצר אחר כך החל לחפור במקום עם עוזרו נחמן אביגד. גילוי הפסיפס, על גלגל המזלות ודמויות האדם שבו, הדהים את העולם היהודי כולו, שעד אז לא הכיר אמנות יהודית מעין זו.
מבחינה אדריכלית מבנה בית הכנסת דומה למבני כנסיות מהתקופה הביזנטית בארץ ישראל. המבנה נבנה במאה ה-5 לספירה וכלל חצר (אטריום), פרוזדור מבוא (נרתקס), אולם תווך ושתי סיטראות מצדדיו, וגומחה (אפסיס) בקצה אולם התווך. בתי הכנסת נבדלים מן הכנסיות בכיוון הפתחים והאפסיס. בכנסיות הפתחים פנו למערב והאפסיס למזרח, ואילו בתי הכנסת נבנו בציר צפון-דרום והאפסיס פנה לירושלים.
הסיטראות מרוצפות בפסיפס לבן ובדגמים גיאומטריים. אולם התווך מרוצף פסיפס צבעוני בעל שלושה שטיחים, המתארים סצנות שונות. השטיח הראשון מתאר אריה ושור ניצבים מצדי שתי כתובות. בעלי החיים פונים כלפי היוצאים מבית הכנסת, ואילו הכתובות פונות כלפי הנכנסים.
בכתובת בשפה הארמית, שרוב חלקה הימני חסר, כתוב: "פסיפס זה נקבע בשנת מלכותו… של יוסטינוס המלך בדמי המכירה של מאה סאים חיטה… שנידבו אנשי הכפר". הכתובת מעידה על המאמץ של תושבי הכפר לגייס את סכום הכסף הדרוש ליצירת הפסיפס. כל תושב הפריש מיבולי הקציר כמידת יכולתו ובכסף שנאסף נשכרו האמנים יוצרי הפסיפס, ולא שכחו להזכיר את שמותיהם בכתובת השנייה, ביוונית: "מריאונוס וחנינא בנו עשו את העבודה". צמד אמנים זה נזכר גם בכתובת בבית הכנסת בבית שאן, וכנראה שם היה בית המלאכה שלהם. בהיותם תושבי המטרופוליס הם כתבו ביוונית.
מעניין שתאריך הקמת הפסיפס נקשר לשנות מלכותו של הקיסר יוסטינוס הראשון (518-527), בנוסף למניינים אחרים שבהם השתמשו (בריאת העולם, מניין השטרות ומניין חורבן הבית).
השטיח התחתון באולם התווך מתאר סיפור מיוחד במינו, הלוא הוא סיפור עקדת יצחק. הסיפור מתפתח משמאל לימין, ומתוארים בו שני נערים וחמור, איל נאחז בסבך, ואברהם המניף את יצחק הקטן אל המזבח. מעליהם נראית כף יד ולידה כתוב "אל תשלח" – דבר האל לאברהם. אברהם ויצחק מצוינים בשמם העברי.
השטיח האמצעי השתמר ללא פגע והוא מתאר גלגל מזלות. שמו של כל מזל כתוב בעברית. במרכז המעגל מתואר הליוס (אל השמש) נוהג במרכבת השמים. מסגרת מרובעת מקיפה את גלגל המזלות ובכל אחת מפינותיה דמות אישה מתארת עונה מארבע עונות השנה. נראה כי לאחר המשברים הגדולים של המרד הגדול (67-73 לספירה) ומרד בר כוכבא (132-135 לספירה) השלימו היהודים במידת מה עם השלטון הרומי והדבר בא לידי ביטוי באמנות בתי הכנסת.
השטיח העליון מתאר את ארון הקדוש ומעליו גמלון שבתוכו קונכייה. משני צדי הגמלון נראים עופות ומצדי ארון הקודש נראים מנורות בנות שבעה קנים. בשטיח מתוארים שופר, מחתה, אתרוג ולולב ושני אריות.
